Det finns två intressanta perioder:
- 1988-2001:SJ dominerar långväga persontrafik och gods. Lok och personvagnar börjar målas i olika blå färgscheman. Lok typ Da, Hg, T21, T43, svetsade 40-talsvagnar och rälsbuss Y6 tas ur trafik. Postsortering ombord avvecklas 1996. All resgodshantering och hantering av expressgods upphör 2000. SJ upphör med kylvagnar, i stället används kylcontainrar. Mindre privata operatörer börjar köra gods. Länstrafiken kör regional persontrafik. Kustpilen börjar köra. Persontrafiken på många sidobanor tas över av länstrafiken och av privata tågoperatörer som BK-Tåg, BSM och Sydvästen. De nya operatörerna kör mest med begagnad SJ-material, dessutom importeras äldre Nohab-dieslar från Danmark. Länstrafikbolagen målar fordon i egna färger. Inlandsbanan ombildas som kommunägd privatbana 1993. SJ tar över TGOJ återstående persontrafik 1995, TGOJ fortsätter som godsoperatör, och övergår till ett blå/grönt färgschema under slutet av 1990-talet.
- 2001-2010: Green Cargo bildas 2001 genom att godstrafiken bryts loss från SJ, loken målas efter hand i ett grönt färgschema. SJ:s Rc-lok och personvagnar börjar målas svarta. Vagnar ur sextiotalsgenerationen tas ur trafik hos SJ. TGOJ kör gods med brå/gröna lok. En ny generation godsoperatörer tar över, t.ex. Hector Rail, CargoNet och DB Schenker Rail. Dessa investerar i nya lok (t.ex. 185, 142, och EG) och vagnar av ett flertal typer. Begagnade TMZ köps också in. Veolia börjar köra persontåg Stockholm-Malmö 2009.